As origens formais do programa remontam ao início da década de 1960. Pelo menos desde 1963, já funcionava na USP um curso de pós-graduação em Linguística, sob a liderança dos professores Theodoro Henrique Maurer Jr. (1906-1979) – que hoje nomeia o Laboratório de Linguística do Programa – e Isaac Nicolau Salum (1913-1993). Organizada nos moldes do que passou a ser chamado de “Regime Antigo”, essa Pós-graduação possibilitou, por um lado, o aperfeiçoamento profissional de professores já atuantes em outros níveis de ensino através das diferentes disciplinas oferecidas a cada ano e, por outro lado, a outorga do título de doutor a parte da primeira geração de linguistas no Brasil. 

A referência a algumas das teses e dissertações defendidas entre 1944 e 1971 (ano de implantação oficial do “Regime Novo”), permite capturar alguns traços relevantes desse percurso de formação do Programa:

• 1944. Autor: Theodoro Henrique Maurer Jr. A morfologia e a sintaxe do genitivo latino: estudo histórico (Orientador: Urbano Canuto Soares, Doutorado).
• 1954. Autor: Isaac Nicolau Salum. Contribuição linguística do Cristianismo na România Antiga (Orientador: Theodoro Henrique Maurer Jr., Doutorado).
• 1966. Autor: Ataliba Teixeira de Castilho. Introdução ao estudo do aspecto verbal na língua portuguesa (Orientador: Theodoro Henrique Maurer Jr., Doutorado).
• 1967. Autor: Paulo Augusto A. Froelich. Os problemas fonêmicos do desenvolvimento histórico das oclusivas, do proto-indoeuropeu ao inglês moderno (Orientador: Isaac Nicolau Salum, Doutorado).
• 1968. Autor: Erasmo d’Almeida Magalhães. Considerações em torno da toponímia pastoril nordestina (Orientador: Ruy Galvão de Andrada Coelho, Doutorado).
• 1970. Autora: Eni de Lourdes Pulcinelli Orlandi. Notas a uma análise estrutural do verbo em português. (Orientador: Cidmar Teodoro Pais, Mestrado).
• 1971. Autora: Maria Aparecida Barbosa. Elementos para uma descrição da estrutura e funções do sintagma circunstancial na crônica brasileira (Orientador: Cidmar Teodoro Pais, Mestrado).
• 1971. Autora: Rosa Virgínia Mattos e Silva. A mais antiga versão portuguesa dos quatro livros dos Diálogos de São Gregório (Orientador: Isaac Nicolau Salum, Mestrado).

Por meio dos títulos desses trabalhos, é possível notar que à abordagem diacrônica vem somar-se a sincrônica; dos temas do Indo-europeu e da România, especialidades dos docentes fundadores desse curso, aos do português ou dos sistemas linguísticos em geral. Passa a haver, nos anos 1960-70, maior uso de metalinguagem vinculada ao Estruturalismo Linguístico (sistema, estrutura, função, fonologia-fonética), sinalizando o estabelecimento pioneiro no Brasil dessa nova perspectiva nas investigações desenvolvidas. Delineava-se, assim, já naquela época, a missão deste Programa de contribuir decisivamente para os processos de ensino e pesquisa de excelência, de nucleação e de consolidação da Linguística como disciplina científica no Brasil.

Desde os primeiros egressos já se encontram pesquisadores que se tornariam linguistas dos mais destacados, com atuação importantíssima na difusão da Linguística e na organização de novos núcleos de pesquisa e de Pós-graduação no país. Na pequena amostra de teses e dissertações mencionadas acima, por exemplo, já encontramos nomes que foram de fundamental importância para o desenvolvimento de várias subáreas da linguística no País.

A ideia de que a área de investigação exigia uma formação rigorosa, mas arejada, manifestava-se na concepção de currículos com ampla oferta de disciplinas e com flexibilidade de composição. Assim, em 1972, por exemplo, a lista de disciplinas disponíveis para os estudantes, que poderiam eleger as mais apropriadas à sua pesquisa e à sua formação como linguistas, era a seguinte:

• A Contribuição Linguística do Cristianismo na România
• Algumas grandes tendências da Linguística Contemporânea
• Gramática transformacional
• Análise das inovações cristãs no vocabulário românico
• Aspectos da etnolinguística
• Unidade mínima semântico-funcional
• Estudos de Estrutura do Romeno
• Fonética e Fonologia
• Lexicografia Estrutural
• Modelos de Psicolinguística
• Problemas e métodos da Sociolinguística
• Problemas de lexicologia
• Problemática das línguas indígenas brasileiras
• Problemática do estudo do Tupi
• Psicolinguística e linguagem

Além de remeter a especialidades em que o Programa viria a se tornar referência, de início no Brasil e hoje também internacionalmente, esse elenco oferece outras informações relevantes sobre o seu desenvolvimento histórico. Os alunos já tinham a possibilidade de, em conjunto com seus orientadores, optar pelas disciplinas mais apropriadas à sua investigação e à sua formação específica, podendo, inclusive, optar por disciplinas oferecidas por qualquer outro programa então existente na Universidade. O currículo também contemplava múltiplas orientações teórico-metodológicas e diferentes focos de interesse da Linguística enquanto ciência, refletindo aquele período histórico em que aos estudos mais afeitos à Filologia e à Linguística Histórica juntaram-se estudos que incorporavam novas tendências em Linguística. As disciplinas oferecidas refletiam, assim, uma crescente heterogeneidade da área e sua segmentação em subáreas. Percebe-se ainda o estabelecimento de diálogos interdisciplinares (naquele momento exemplificados em aproximações com a História, a Etnologia e a Psicologia).

Em seu início, o programa estava ancorado na participação de docentes de distintos departamentos, das áreas de Semiótica e Linguística Geral, Filologia e Linguística Românica e Línguas Indígenas. No entanto, a partir de 1986, o curso passa a se apoiar mais e mais em docentes do próprio Departamento de Linguística, impulsionado por novas titulações e pela transferência de cinco docentes da área de Linguística Românica do Departamento de Letras Clássicas e Vernáculas para o Depto. de Linguística. Desse modo, o programa passa a incorporar as áreas de Linguística Formal e de Sociolinguística e, mais recentemente, Linguística Computacional e Cognitiva. 

Pode-se dizer que, nas últimas décadas, o Programa de Pós-Graduação em Linguística da USP tem se organizado em torno da área de concentração Semiótica e Linguística Geral, desdobrada em dois campos centrais: os estudos da língua e os do discurso.

Observe-se que, desde seu início, o programa oferece a seus alunos a possibilidade de uma formação rigorosa, ampla e diversificada. Em todo seu percurso, tem tido um papel fundamental na formação de pesquisadores/docentes de grande impacto no cenário nacional e internacional. Seus egressos estão distribuídos pelas instituições mais relevantes do país.